Stowarzyszenie Wolne Społeczeństwo w kwietniu 2016 r. wystąpiło do Centralnego Biura Antykorupcyjnego (CBA), wskazując fundacje zakładane przez członków Pediatrycznego Zespołu Ekspertów przy Ministrze Zdrowia jako narzędzia korupcji. Stowarzyszenie informowało wówczas, że eksperci dysponują środkami pozyskiwania wynagrodzeń od potencjalnych beneficjentów ich działań, od koncernów medycznych. CBA odmówiło jednak podjęcia działań zmierzających do wyjaśnienia tej sprawy. Minister Zdrowia nie martwi się ministerialną korupcją.

Ministerstwo Zdrowia powiadomiło w odpowiedzi na zarzuty korupcji członków Pediatrycznego Zespołu Ekspertów, że z informacji uzyskanych od członków Zespołu wynika, że jego członkowie w ramach swojej pracy naukowej prowadzili badania kliniczne dla wielu firm medycznych, zaś wyniki badań przedstawiali podczas wykładów na konferencjach, w których uczestniczyli lekarze, oraz prezentowali je w czasopismach naukowych. Ministerstwo wskazało trzy fundacje założone przez członków zespołu. Wskazało fundację założoną przez dr. Pawła Grzesiowskiego, która nosi nazwę Fundacja Instytut Profilaktyki Zakażeń i ma siedzibę w Warszawie, wskazało Fundację "Aby Żyć" z siedzibą w Krakowie, prowadzoną przez dr. Ryszarda Koniora, oraz fundację, w której działa prof. Leszek Szenborn, Fundację Oświaty Zdrowotnej im. Heleny Osińskiej z siedzibą w Warszawie.

Ministerstwo nie wskazało jednak fundacji, która w związku z prowadzoną działalnością zespołu jest najciekawsza. Nie wskazało fundacji o nazwie "Zdrowa Planeta", która nie została założona przez członka zespołu. Fundacja "Zdrowa Planeta" została członkom zespołu podarowana. Fundacja została założona przez przedstawiciela firmy farmaceutycznej; obecnie znajduje się w likwidacji.

Członkowie Zespołu przy Ministrze Zdrowia dostali do rąk autorytet ministerstwa. Mogą podejmować zarówno działania publiczne, jak i naciskać na jednostki wykonujące zadania publiczne, i nie ponoszą żadnej odpowiedzialności za swe działania. Współpracownicy Ministra Zdrowia działają w sposób jawnie korupcyjny, na zlecenie wielu firm, największych koncernów farmaceutycznych. Pobieranie wynagrodzeń odbywało i odbywa się jawnie, za występy w roli wykładowcy, w roli osoby prowadzącej warsztaty i spotkania naukowe.

Członkowie zespołu, Jacek Wysocki, Paweł Grzesiowski, występowali nawet w przedsięwzięciu będącym oszustwem międzynarodowym: w imieniu nieformalnej organizacji doradczej (CEVAG) założonej przez firmę reklamową (public relations), udającej organizację międzynarodową, skupiającą "państwa członkowskie". W istocie organizacja ta była grupką skorumpowanych osób działających całkowicie prywatnie w prywatnym interesie, udających przedstawicieli rządu dzięki powiązaniom ministerialnym. Została zlikwidowana wraz z jej macierzystą firmą reklamową, gdy jej działanie zaczęło budzić wątpliwości.

Pomimo wskazania rażących nieprawidłowości i żądania wyjaśnień, CBA i Ministerstwo Zdrowia tolerują działania jawnie korupcyjne. Minister Zdrowia współdziała z oszustami. Publicznie podnoszone zarzuty nie przeszkadzają urzędnikom rządowym w oszustwach.

Korupcja w Ministerstwie Zdrowia została omówiona dnia 13 października 2016 r. podczas publicznej debaty "Kontrola społeczna nad systemem ochrony zdrowia" zorganizowanej przez Ogólnopolskie Stowarzyszenie Wiedzy o Szczepieniach "STOP NOP".